با وجود اینکه برخی از صاحبنظران معتقد هستند که گروهک تروریستی فرقان به شدت تحت شریعتی بوده است امّا برخی دیگر این مسأله را رد میکنند و میگویند هر چند ممکن است در مباحثی مثل موضعگیری بر علیه روحانیت اینها تحت تأثیر شریعتی بودهاند امّا کارهای تروریستی گروه فرقان هرگز درمرام شریعتی نمیگنجد.
گروه فرقان افراطیترین گروه چپ گرای مسلمان بود که نخستین ترورهای سیاسی را در جمهوری اسلامی سازمان داد. رهبران جوان این سازمان که خود را وارث اندیشههای دکتر شریعتی میدانستند، به شدت با روحانیان و طرفداران آنها مخالف بودند و هیچ یک از گروهها و حزبهای موجود را به رسمیت نمیشناختند.این گروه هواداران و اعضای اندکی داشت امّا با ترور شخصیتهای برجستهای مثل سپهبد ولی الله قرنی،آیت الله مرتضی مطهری،هاشمی رفسنجانی،حاج مهدی عراقی و دکتر مفتح درابتدای انقلاب، نگاه را به سمت گفتمان چپ اسلامی متوجه کرد.با وجود اینکه برخی از صاحبنظران معتقد هستند که گروهک تروریستی فرقان به شدت تحت شریعتی بوده است امّا برخی دیگر این مسأله را رد میکنند و میگویند هر چند ممکن است در مباحثی مثل موضعگیری بر علیه روحانیت اینها تحت تأثیر شریعتی بودهاند امّا کارهای تروریستی گروه فرقان هرگز درمرام شریعتی نمیگنجد.
در همین باره رسول جعفریان میگوید:"در سال 1356؛ یعنی سال آغاز فعالیت فرقان،با درگذشت دکتر شریعتی، نخستین اعلامیه از سوی این جریان نوپا انتشار یافت. آنچه در این شرایط، سبب برآشفتن فرقانیها شد، اطلاعیه مشترک مطهری ـ بازرگان بود که چند روز پس از انتشار، بازرگان بر اثر اصرار دوستان یا تهدید مخالفان امضایش را پس گرفت. به دنبال صدور آن اطلاعیه، گودرزی اطلاعیهای صادر کرد و به تهدید مخالفان شریعتی و در واقع شهید مطهری پرداخت. در این اطلاعیه، با اشاره به ائتلاف ارتجاع و روشنفکران مدرن؛ یعنی مطهری و بازرگان، آمده است که «حاصل زشت این ائتلاف ناجوانمردانه، آن هم در شام غریبان شهیدان و در اجرای اهداف شوم نفاقپیشگان تاریخ« بوده، بهگونهای که «اعلامیهای به تاریخ 56. 9. 23 و با امضای چهرههایی همچون مطهری و بازرگان درآمد که بازتاب مقاصد پوشیده جبهه مؤتلفه بود و از تبادلنظر میان آنها که طبعاً چیزی جز مسخ هدف شهیدان و فرهنگ انقلابی آنها را در بر نمیگیرد، حکایت میکرد." در سالگرد سفر دکتر شریعتی به خارج از کشور و مرگ وی، باز فرقان اطلاعیهای داد و ضمن آن سخت به صادر کنندگان آن بیانیه حمله کرد.
جعفریان گروهک فرقان را برآمده از نظریه تشیع علوی و صفوی می داند و عنوان می کند:"فرقان که روحانیت را از بنیان و اساس باطل میدانست بعد از پیروزی انقلاب تلاش خود را معطوف به مبارزه با آنها کرد. نخستین عاملی که فرقان را به رویارویی مسلحانه با جمهوری اسلامی کشاند بهانه کردن قربانی شدن ارزشهای راستین تشیع سرخ علوی بود. همچنین تلاش برای آزاد ساختن اسلام علی(ع) از اسارت آخوندیسم.
با این حال اسدالله بادامچیان درپاسخ به این سؤال که آیا گروه فرقان تحت تأثیر شریعتی روحانیت ستیز شده است،میگوید:"نه چون من شریعتی را در برخوردها و نوشته هایش روحانیت ستیز ندیدم. نظرات انتقادی نسبت به روحانیت داشت و مسائل مربوط به آن دچار تردیدها و سوالاتی است که با دید متعارف و فقاهتی متفاوت اس.